民國75年7月本處成立，由原臺灣省交通處公路局民國68年7月成立之「臺灣省交通處公路局新橫貫公路嘉義玉山闢建工程處」改組而成，機關全名「臺灣省交通處公路局西部濱海公路南區工程處」。
民國88年7月1日公路局組織改隸中央直屬交通部，臺灣省公路局西部濱海公路南區工程處改名為交通部公路局西部濱海公路南區工程處。
民國91年1月30日組織更名為交通部公路總局西部濱海公路南區臨時工程處。
民國107年1月15日機關修編（組織調整）為交通部公路總局西部濱海公路南區臨時工程處。
民國112年9月15日機關修編（組織調整）為交通部公路局南區公路新建工程分局。